1.სააგენტოს საქმიანობას ხელმძღვანელობს სააგენტოს უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს უსაფრთხოების სამსახურის უფროსი.
2.სააგენტოს უფროსი: ა) ორგანიზებას უწევს ეროვნული სადაზვერვო პროგრამისა და სადაზვერვო საქმიანობასთან დაკავშირებული ამოცანებისა და პრიორიტეტების განხორციელებას; ბ) უზრუნველყოფს სადაზვერვო ინფორმაციის ხელისუფლების უმაღლესი ორგანოებისა და აღმასრულებელი ხელისუფლების შესაბამისი დაწესებულებებისთვის წარდგენას/მიწოდებას; გ) საქართველოს დიპლომატიურ წარმომადგენლობებში მისავლენად უსაფრთხოების სამსახურის უფროსს წარუდგენს დაზვერვის ოფიციალური წარმომადგენლების კანდიდატურებს; დ) კოორდინაციას უწევს სადაზვერვო ინფორმაციის დაცვის კრიპტოგრაფიული საშუალებებისა და შიფრების სახელმწიფო სტანდარტების შექმნასა და დანერგვას; ე) სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების დებულებებს, სააგენტოს საშტატო ნუსხასა და სააგენტოში მომუშავეთა რიცხოვნობას დასამტკიცებლად წარუდგენს უსაფრთხოების სამსახურის უფროსს; ვ) უსაფრთხოების სამსახურის უფროსთან შეთანხმებით: ვ.ა) „ნორმატიული აქტების შესახებ“ საქართველოს ორგანული კანონით დადგენილი წესით გამოსცემს საქართველოს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტებს; ვ.ბ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს; ვ.გ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების უფროსებსა და მათ მოადგილეებს; ვ.დ) განსაზღვრავს ფულადი ჯილდოს ოდენობას, აგრეთვე განსაკუთრებულ შემთხვევებში გასაცემი ერთჯერადი დახმარების ოდენობას; ვ.ე) აუცილებლობის შემთხვევაში იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს მოსამსახურეებისთვის საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული დანამატების გაცემის შესახებ; ვ.ვ) წარმოადგენს სააგენტოს საერთაშორისო ურთიერთობებში; ზ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს მოსამსახურეებს, ამ პუნქტის „ვ.გ“ ქვეპუნქტით დადგენილი წესით თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების უფროსებსა და მათ მოადგილეებს; თ) ეროვნული სადაზვერვო პროგრამიდან, აგრეთვე სადაზვერვო საქმიანობასთან დაკავშირებული ამოცანებიდან და პრიორიტეტებიდან გამომდინარე, შეიმუშავებს და ამტკიცებს სადაზვერვო დავალებებს; ი) დადგენილი წესით წაახალისებს სააგენტოს მოსამსახურეებს ან სააგენტოს მოსამსახურეებს აკისრებს დისციპლინურ პასუხისმგებლობას; კ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით სააგენტოს მოსამსახურეებს ანიჭებს მორიგ სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს, პოლკოვნიკის წოდების ჩათვლით; ლ) ქმნის კომისიებსა და სამუშაო ჯგუფებს; მ) ახორციელებს ამ კანონითა და საქართველოს სხვა საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტებით მისთვის მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.