1.სამსახურის მართვას, კოორდინაციასა და ხელმძღვანელობას ახორციელებს სამსახურის უფროსი, რომელსაც საქართველოს ფინანსთა მინისტრის წარდგინებით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს პრემიერ-მინისტრი.
2.სამსახურის უფროსი: ა) ხელმძღვანელობს სამსახურს, პასუხისმგებელია სამსახურისთვის საქართველოს კანონმდებლობით დაკისრებული მოვალეობების შესრულებისათვის; ბ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გადაწყვეტილებებს იღებს სამსახურის გამგებლობის სფეროსათვის მიკუთვნებულ საკითხებზე; გ) თვალყურს ადევნებს სამსახურის სტრუქტურული ერთეულებისა და ქვედანაყოფების მიერ თავიანთი მოვალეობების შესრულებას და ახორციელებს სამსახურებრივ ზედამხედველობას სამსახურის თანამშრომლების საქმიანობასა და მათ მიერ მიღებულ გადაწყვეტილებებზე ამ კანონით დადგენილი წესით; დ) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სამსახურის საშტატო განრიგით გათვალისწინებულ იმ თანამშრომლებს, რომელთა დანიშვნის სხვა წესს არ ადგენს ეს კანონი; ე) პასუხისმგებელია სამსახურისათვის გამოყოფილი საბიუჯეტო სახსრების, ასევე მატერიალურ-ტექნიკური ფასეულობების (მათ შორის, შეიარაღების, საბრძოლო მასალის, სპეციალური ტექნიკის, სპეციალური საშუალებების და ა.შ.) მიზნობრივ ხარჯვასა და გამოყენებაზე; ვ) სამსახურის დებულების პროექტს, სტრუქტურასა და ხარჯთაღრიცხვას, ასევე მათში სათანადო ცვლილებების შეტანის პროექტებს დასამტკიცებლად წარუდგენს საქართველოს ფინანსთა მინისტრს; ზ) საქართველოს ფინანსთა მინისტრის მიერ განსაზღვრული პერიოდულობით საქართველოს მთავრობას და საქართველოს ფინანსთა მინისტრს წარუდგენს ანგარიშს სამსახურის მიერ გაწეული საქმიანობის შესახებ და ინფორმაციას სამსახურის საქმიანობის პრიორიტეტული მიმართულებების თაობაზე; თ) სამსახურის კომპეტენციის სფეროს მიკუთვნებულ საკითხებზე გამოსცემს ინდივიდუალურ სამართლებრივ აქტებს, მეთოდურ მითითებებს, რომელთა შესრულებაც სავალდებულოა სამსახურის თანამშრომლებისათვის; ი) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში სამსახურის თანამშრომლებს ანიჭებს სპეციალურ წოდებებს და შუამდგომლობს საქართველოს ფინანსთა მინისტრის წინაშე სამსახურის თანამშრომელთათვის შესაბამისი სპეციალური წოდებების მინიჭების თაობაზე; კ) საქართველოს ფინანსთა მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს სამსახურის მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფის თაობაზე; ლ) საქართველოს ფინანსთა მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს სამსახურში სამსახურის გავლის საკითხების გადაწყვეტის შესახებ; მ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.