1.სამსახურს ხელმძღვანელობს სამსახურის უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს პრემიერ-მინისტრი საქართველოს ფინანსთა მინისტრის წარდგინებით.
2.სამსახურის უფროსი: ა) იღებს გადაწყვეტილებებს სამსახურის კომპეტენციისთვის მიკუთვნებულ საკითხებზე; ბ) წარმოადგენს სამსახურს მესამე პირთან ურთიერთობაში; გ) უფლებამოსილია მოახდინოს მისი კომპეტენციისთვის მიკუთვნებული ზოგიერთი საკითხის გადაწყვეტის უფლების დელეგირება სამსახურის სხვა თანამშრომელზე; დ) უფლებამოსილია სამსახურის წარმომადგენლობის უფლება მიანიჭოს სამსახურის სხვა თანამშრომელს; ე) სამართლებრივი აქტით ამტკიცებს სამსახურის საშტატო განრიგს, ხოლო საქართველოს ფინანსთა მინისტრთან შეთანხმებით – თანამდებობრივ სარგოებს; ვ) კომპეტენციის ფარგლებში თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სამსახურის თანამშრომელს; ზ) იღებს გადაწყვეტილებას სამსახურის თანამშრომლის წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის შესახებ; ზ 1 ) საქართველოს ფინანსთა მინისტრის მიერ დელეგირებული უფლებამოსილების ფარგლებში სამსახურის სტრუქტურული ერთეულის − საბაჟო დეპარტამენტის თანამშრომელსა და საბაჟო დეპარტამენტის საქმიანობაზე ზედამხედველ სამსახურის უფროსის მოადგილეს ანიჭებს შესაბამის სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს; თ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით განკარგავს სამსახურის სახსრებსა და ქონებას; ი) სამართლებრივი აქტით ამტკიცებს სამსახურის შინაგანაწესს სხვადასხვა სამართალურთიერთობების რეგულირების მიზნით და საჭიროების შემთხვევაში ამტკიცებს სამსახურის თანამშრომელთა საკვალიფიკაციო მოთხოვნებს; კ) კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს; ლ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა უფლებამოსილებებს.