1.სააგენტოს სახელმწიფო კონტროლს ახორციელებს საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო.
2.სააგენტოს საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის აღრიცხვა-ანგარიშგებას ყოველწლიურად ამოწმებს დამოუკიდებელი აუდიტორი, რომელსაც ნიშნავს საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო.
