სახელმწიფო კონტროლი ხორციელდება შემდეგი პრინციპების შესაბამისად: ა) კომპეტენციის ფარგლებში ბუნებრივი რესურსების რაციონალური სარგებლობის, გარემოსდაცვითი, სოციალური და ეკონომიკური შედეგების მიღწევა მინიმალური დანახარჯების გაწევით; ბ) რეგულირების ობიექტების კანონიერი უფლებების დაცვის უზრუნველყოფა; გ) დარღვევათა გამოვლენის პრევენციულ ღონისძიებათა უპირატესი გამოყენება; დ) ანალოგიურ გარემოებათა არსებობისას ყველა დამრღვევის მიმართ ერთნაირი მეთოდების გამოყენება; ე) საკონტროლო საქმიანობის გამჭვირვალობა და ანგარიშგება; ვ) საქმიანობის მეთოდებისა და ინსტიტუციონალური საფუძვლების რეგულარული სრულყოფა. მუხლი 5. სახელმწიფო კონტროლის მოქმედების სფერო, სახელმწიფო კონტროლის განხორციელებისას თანამშრომლობა სხვა სახელმწიფო ორგანოებთან, საზოგადოებრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებთან 1. დეპარტამენტი დადგენილი წესით ახორციელებს სახელმწიფო კონტროლს ბუნებრივი რესურსებით სარგებლობის შესაბამისი ლიცენზიებით, გარემოზე ზემოქმედების ნებართვების, ეკოლოგიური ექსპერტიზის დასკვნით გათვალისწინებული პირობების, ასევე საქართველოს მთელ ტერიტორიაზე, მის ტერიტორიულ წყლებში, კონტინენტურ შელფსა და განსაკუთრებულ ეკონომიკურ ზონაში, მათ შორის სახელმწიფო ტყის ფონდისა და დაცულ ტერიტორიებზე გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსებით სარგებლობის სფეროში მოქმედი საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული მოთხოვნების შესრულებისათვის.
2.სახელმწიფო კონტროლი ხორციელდება სახელმწიფო ხელისუფლებისა და ადგილობრივი თვითმმართველობის ორგანოებთან, რეგულირების ობიექტებთან, საზოგადოებასა და სხვა დაინტერესებულ მხარეებთან თანამშრომლობით.
3.დეპარტამენტი ასევე თანამშრომლობს სხვა ქვეყნების შესაბამის სამსახურებთან, საზოგადოებრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებთან.
4.გარემოზე ზემოქმედების ნებართვების გაცემის, გადაცემის, ცვლილებებისა და გაუქმების შესახებ ინფორმაცია (მათ შორის, შესაბამისი სამართლებრივი აქტის, ეკოლოგიური ექსპერტიზის დასკვნის, გარემოზე ზემოქმედების შეფასების ანგარიშის და სანებართვო მოწმობის ასლი), ასევე ინფორმაცია ტყითსარგებლობის გეგმის, სამონადირეო მეურნეობის მართვის გეგმისა და წყლის ობიექტისა და თევზსამეურნეო საქმიანობის მართვის გეგმის დამტკიცების თაობაზე სამინისტროს მიერ 7 სამუშაო დღის ვადაში ეგზავნება დეპარტამენტს.
5.ბუნებრივი რესურსებით სარგებლობის ლიცენზიების გაცემის, გადაცემის, ცვლილებებისა და გაუქმების შესახებ ინფორმაცია, ასევე ინფორმაცია სასარგებლო წიაღისეულის მოპოვების ან წიაღით სარგებლობის ლიცენზიის მფლობელისთვის ათვისების გეგმის დამტკიცების თაობაზე, შესაბამისი ლიცენზიის გაცემაზე უფლებამოსილი პირის, სსიპ - გარემოს ეროვნული სააგენტოს მიერ 14 სამუშაო დღის ვადაში ეგზავნება დეპარტამენტს.
6.პირის სასარგებლო წიაღისეულის მოპოვების ლიცენზიისგან გათავისუფლების შესახებ ინფორმაციას სამინისტრო შესაბამისი უფლებამოსილი ორგანოს მიერ გადაწყვეტილების მიღებიდან 7 სამუშაო დღის ვადაში უგზავნის დეპარტამენტს.
7.ინფორმაცია ზედაპირული წყლის ობიექტიდან წყლის ამოღების შესახებ, ასევე ინფორმაცია ატმოსფერული ჰაერის დაბინძურების სტაციონარული წყაროების და მათ მიერ გაფრქვეულ მავნე ნივთიერებათა ინვენტარიზაციის ტექნიკური ანგარიშის შესაბამისი უფლებამოსილი ორგანოს (პირის) მიერ შეთანხმებიდან, 7 სამუშაო დღის ვადაში ეგზავნება დეპარტამენტს.