1.დაცული ტერიტორიების სააგენტო დაგეგმვის, პროექტების განხორციელებისა და მართვის პროცესში მჭიდროდ თანამშრომლობს სამთავრობო დაწესებულებებთან და არასამთავრობო ორგანიზაციებთან.
2.საუწყებათაშორისო და მუნიციპალიტეტებთან თანამშრომლობისათვის იქმნება ცალკეული დაცული ტერიტორიის სამეცნიერო-საკონსულტაციო საბჭო, რომლის შემადგენლობასაც ამტკიცებს მინისტრი.
3.სამეცნიერო-საკონსულტაციო საბჭოს უფლება-მოვალეობანი, მუშაობის წესი და რეგლამენტი განისაზღვრება დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ტერიტორიული ადმინისტრაციების ტიპური დებულებით.
4.დაცული ტერიტორიების სააგენტო სამეცნიერო-საკონსულტაციო საბჭოს მეშვეობით თანამშრომლობს სამთავრობო დაწესებულებებთან: ა) დაცული ლანდშაფტების, გამონაკლის შემთხვევებში – აღკვეთილების, ეროვნული პარკების, ბიოსფერული რეზერვატებისა და მსოფლიო მემკვიდრეობის უბნების ცალკეული ზონის მართვისა და კონტროლის საქმეში; ბ) მრავალმხრივი გამოყენების ტერიტორიების (ბუფერული ზონების) რეგულირებისა და კონტროლის საქმეში. საქართველოს 2007 წლის 27 აპრილის კანონი №4683 - სსმ I, №16, 07.05.2007 წ., მუხ.125 საქართველოს 2007 წლის 18 დეკემბრის კანონი №5629 - სსმ I, №48, 27.12.2007 წ., მუხ.419 საქართველოს 2020 წლის 15 ივლისის კანონი №6901-რს - ვებგვერდი, 28.07.2020წ.