1.დაცული ტერიტორიების სისტემის დაფუძნების, ფუნქციონირებისა და მართვის სახელმწიფო პოლიტიკას, ქმედებათა კოორდინირებასა და კონტროლს ახორციელებს საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტრო.
2.დაცულ ტერიტორიებს, გარდა დაცული ლანდშაფტისა და მრავალმხრივი გამოყენების ტერიტორიისა − კანონით განსაზღვრულ შემთხვევებში, მართავს დაცული ტერიტორიების სააგენტო. [ 2 1 . დაცული ტერიტორიების სააგენტომ დაცული ლანდშაფტები და მრავალმხრივი გამოყენების ტერიტორიები ამ კანონის მოთხოვნების დაცვით შეიძლება მართოს მხოლოდ კანონით პირდაპირ განსაზღვრულ შემთხვევებში. (ამოქმედდეს 2026 წლის 1 ივლისიდან)] 3. საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტრო უფლებამოსილია თავისი კომპეტენციის ფარგლებში განახორციელოს: ა) დაცული ტერიტორიების საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი რეჟიმის დაცვის, გარემოს დაცვისა და ბუნებათსარგებლობის კანონმდებლობის მოთხოვნებისა და საერთაშორისო ვალდებულებების შესრულების ზედამხედველობა; ბ) დაცული ტერიტორიების სისტემის განვითარების სტრატეგიული ღონისძიებების შემუშავება და მათი განხილვის ორგანიზება; გ) დაცულ ტერიტორიებთან დაკავშირებული ნორმატიული და მეთოდური დოკუმენტაციის შემუშავება, შეთანხმება და დამტკიცება; დ) გარემოსდაცვითი მონიტორინგისა და მეცნიერული კვლევის კოორდინირება; ე) ფლორისა და ფაუნის ენდემური, იშვიათი და გადაშენების პირას მყოფი სახეობების რიცხოვნობის აღდგენასთან დაკავშირებული სამუშაოების დაგეგმვა და კოორდინირება; ვ) დაცულ ტერიტორიებზე საერთაშორისო თანამშრომლობის კოორდინირება; ზ) დაცული ტერიტორიების სააგენტოს წარდგინებით ტერიტორიული ადმინისტრაციების შექმნა; თ) დაცული ტერიტორიების სააგენტოს და მისი ტერიტორიული ადმინისტრაციების დებულებების დამტკიცება.