1.სააგენტოს სახელმწიფო კონტროლს ახორციელებს საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო.
2.სააგენტოს საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის აღრიცხვა-ანგარიშგებას ყოველწლიურად ამოწმებს დამოუკიდებელი აუდიტორი, რომელსაც ნიშნავს საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო.
3.საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტრო უფლებამოსილია შეამოწმოს სააგენტოს საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობა და მის მიერ განხორციელებული საქმიანობის კანონიერება, მიზანშეწონილობა და ეფექტიანობა.
4.საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრი უფლებამოსილია შეაჩეროს ან/და გააუქმოს სააგენტოს გენერალური დირექტორის არამართლზომიერი სამართლებრივი აქტი. თავი VII. გაზომვათა ერთიანობის უზრუნველყოფა