1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს გენერალური დირექტორი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების მინისტრი.
2.სააგენტოს გენერალური დირექტორი საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, კანონის მიზნების განსახორციელებლად გამოსცემს ნორმატიულ აქტებს − ბრძანებებს და ადმინისტრაციულ -სამართლებრივ აქტებს − განკარგულებებს.
3.სააგენტოს გენერალური დირექტორი წარმართავს სააგენტოს ყოველდღიურ საქმიანობას.