სამინისტროს სისტემა მოიცავს: ა) სტრუქტურულ ქვედანაყოფებს: ა.ა) ადმინისტრაცია (დეპარტამენტი); ა.ბ) საზოგადოებასთან ურთიერთობის დეპარტამენტი; ა.გ) შიდა აუდიტის დეპარტამენტი; ა.დ) სამართლებრივი უზრუნველყოფის დეპარტამენტი; ა.ე) ეკონომიკური დეპარტამენტი; ა.ვ) ეროვნული სასწავლო გეგმების დეპარტამენტი; ა.ზ) ზოგადი განათლების მართვისა და განვითარების დეპარტამენტი; ა.თ) პროფესიული განათლების განვითარების დეპარტამენტი; ა.ი) უმაღლესი განათლებისა და მეცნიერების განვითარების დეპარტამენტი; ა.კ) სტრატეგიული დაგეგმვისა და საერთაშორისო ურთიერთობების დეპარტამენტი; ა.ლ) (ამოღებულია - 14.12.2017, №541) ; ბ) ტერიტორიულ ორგანოებს – საგანმანათლებლო რესურსცენტრებს; გ) შემდეგ საჯარო სამართლის იურიდიულ პირებს: გ.ა) შეფასებისა და გამოცდების ეროვნული ცენტრი; გ.ბ) განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნული ცენტრი; გ.გ) საგანმანათლებლო და სამეცნიერო ინფრასტრუქტურის განვითარების სააგენტო; გ.დ) მასწავლებელთა პროფესიული განვითარების ეროვნული ცენტრი; გ.ე) საგანმანათლებლო დაწესებულების მანდატურის სამსახური; გ.ვ) განათლების მართვის საინფორმაციო სისტემა; გ.ზ) შოთა რუსთაველის ეროვნული სამეცნიერო ფონდი; გ.თ) ზურაბ ჟვანიას სახელობის სახელმწიფო ადმინისტრირების სკოლა; გ.ი) (ამოღებულია – 02.05.2013, №105); გ.კ) განათლების საერთაშორისო ცენტრი; დ) სამინისტროს წარდგინებით, საქართველოს მთავრობის მიერ დაფუძნებულ უმაღლეს საგანმანათლებლო დაწესებულებებს, საქართველოს მთავრობის მიერ დაფუძნებულ სამეცნიერო-კვლევით დაწესებულებებს, სამინისტროს მიერ დაფუძნებულ პროფესიულ საგანმანათლებლო და ზოგადსაგანმანათლებლო დაწესებულებებს. საქართველოს მთავრობის 2004 წლის 23 ოქტომბრის დადგენილება №85-სსმ III, №120, 26.10.2004წ., მუხ.1036 საქართველოს მთავრობის 2005 წლის 17 აპრილის დადგენილება №73-სსმ III, №46, 19.04.2005წ., მუხ.479 საქართველოს მთავრობის 2005 წლის 17 სექტემბრის დადგენილება №160-სსმ III, №111, 22.09.2005წ., მუხ.1228 საქართველოს მთავრობის 2005 წლის 28 დეკემბრის დადგენილება №241-სსმ III, №153, 30.12.2005წ., მუხ.1700 საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 5 აპრილის დადგენილება №77-სსმ III, №46, 05.04.2006წ., მუხ.525 საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 31 მაისის დადგენილება №101-სსმ III, №73, 01.06.2006წ., მუხ.912 საქართველოს მთავრობის 2006 წლის 15 ნოემბრის დადგენილება №213-სსმ III, №155, 17.11.2006წ., მუხ.2145 საქართველოს მთავრობის 2007 წლის 21 მარტის დადგენილება №52-სსმ III, №40, 23.03.2007წ., მუხ.467 საქართველოს მთავრობის 2007 წლის 23 მაისის დადგენილება №108-სსმ III, №75, 29.05.2007წ., მუხ.803 საქართველოს მთავრობის 2007 წლის 4 ივლისის დადგენილება №135-სსმ III, №97, 10.07.2007წ., მუხ.1035 საქართველოს მთავრობის 2008 წლის 15 მაისის დადგენილება №124-სსმ III, №74, 19.05.2008წ., მუხ.801 საქართველოს მთავრობის 2008 წლის 9 ივლისის დადგენილება №148-სსმ III, №98, 10.07.2008წ., მუხ.1083 საქართველოს მთავრობის 2008 წლის 26 ნოემბრის დადგენილება №227-სსმ III, №168, 27.11.2008წ., მუხ.1706 საქართველოს მთავრობის 2008 წლის 29 დეკემბრის დადგენილება №263-სსმ III, №186, 30.12.2008წ., მუხ.1940 საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 10 თებერვლის დადგენილება №19-სსმ III, №16, 13.02.2009წ., მუხ.211 საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 24 ივლისის დადგენილება №131-სსმ III, №93, 28.07.2009წ., მუხ.989 საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 15 დეკემბრის დადგენილება №224-სსმ III, №155, 21.12.2009წ., მუხ.1827 საქართველოს მთავრობის 2009 წლის 22 დეკემბრის დადგენილება №235-სსმ III, №156, 22.12.2009წ., მუხ.1875 საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 10 ივნისის დადგენილება №157-სსმ III, №67, 14.06.2010წ., მუხ.990 საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 15 ივლისის დადგენილება №191-სსმ III, №86, 15.07.2010წ., მუხ.1272 საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 10 სექტემბრის დადგენილება №281-სსმ III, №117, 15.09.2010წ., მუხ.1730 საქართველოს მთავრობის 2010 წლის 8 დეკემბრის დადგენილება №378-სსმ III, №162, 13.12.2010წ., მუხ.2288 საქართველოს მთავრობის 2011 წლის 21 მარტის დადგენილება №134 – ვებგვერდი, 24.03.2011წ. საქართველოს მთავრობის 2011 წლის 4 აგვისტოს დადგენილება №305 – ვებგვერდი, 09.08.2011წ. საქართველოს მთავრობის 2011 წლის 26 აგვისტოს დადგენილება №332 -ვებგვერდი, 31.08.2011წ. საქართველოს მთავრობის 2011 წლის 21 დეკემბრის დადგენილება №483 - ვებგვერდი, 26.12.2011წ. საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 24 იანვრის დადგენილება №24 - ვებგვერდი, 26.01.2012წ. საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 23 ივლისის დადგენილება №2 82 – ვებგვერდი, 2 4 .
07.2012წ. საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 16 აგვისტოს დადგენილება №332 - ვებგვერდი, 16.08.2012წ. საქართველოს მთავრობის 2012 წლის 28 ნოემბრის დადგენილება №456 - ვებგვერდი, 30.11.2012წ. საქართველოს მთავრობის 2013 წლის 2 მაისის დადგენილება №105 – ვებგვერდი, 07.05.2013წ. საქართველოს მთავრობის 2013 წლის 5 სექტემბრის დადგენილება №227 – ვებგვერდი, 06.09.2013წ. საქართველოს მთავრობის 2013 წლის 26 სექტემბრის დადგენილება №248 – ვებგვერდი, 27 .
0⁹.2013წ. საქართველოს მთავრობის 2016 წლის 23 დეკემბრის დადგენილება №581 - ვებგვერდი, 28.12.2016წ. საქართველოს მთავრობის 2017 წლის 13 იანვრის დადგენილება №9 - ვებგვერდი, 17.01.2017წ. საქართველოს მთავრობის 2017 წლის 14 დეკემბრის დადგენილება №541 - ვებგვერდი, 14.12.2017წ.