1.სააგენტოს უფროსი ამ კანონით გათვალისწინებული ექსპერტიზის ჩატარებისთვის ყოველ კონკრეტულ შემთხვევაში ქმნის საექსპერტო კომისიას, რომელიც შექმნიდან 85 სამუშაო დღის ვადაში (დაჩქარებული წესით მომსახურების შემთხვევაში − 57 სამუშაო დღის ვადაში) ამზადებს შესაბამის საექსპერტო დასკვნას.
2.საექსპერტო კომისია შედგება ექსპერტებისაგან. ექსპერტი შეიძლება იყოს სამინისტროს ან მის სისტემაში შემავალი დაწესებულების წარმომადგენელი ან/და საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული საზოგადოებრივი ექსპერტი. სააგენტოს უფლება აქვს, საქმიანობის სპეციფიკიდან გამომდინარე, საექსპერტო კომისიის წევრად მოიწვიოს უცხო ქვეყნის სუბიექტი (ფიზიკური ან იურიდიული პირი) ან მოქალაქეობის არმქონე პირი.
3.საზოგადოებრივი ექსპერტი ექსპერტიზის პროცესში სააგენტოსა და მას შორის დადებული შრომითი ხელშეკრულების საფუძველზე მონაწილეობს. საზოგადოებრივი ექსპერტის შრომის ანაზღაურებას სააგენტო ახორციელებს მისთვის საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტიდან გამოყოფილი ასიგნებების ფარგლებში ან საკუთარი შემოსავლებიდან. საზოგადოებრივი ექსპერტის შრომის ანაზღაურების წესი განისაზღვრება მინისტრის ბრძანებით.
4.საექსპერტო კომისიის ფუნქციებია: ა) ამ კანონის მე-13 მუხლით გათვალისწინებული დოკუმენტაციის ექსპერტიზა და შესაბამისი საექსპერტო დასკვნის მომზადება; ბ) ექსპერტიზის პროცესში სამეცნიერო-კვლევითი საქმიანობის განხორციელება.
5.საექსპერტო კომისიის წევრი უფლებამოსილია ადგილზე დაათვალიეროს და შეისწავლოს დაგეგმილი საქმიანობის განხორციელების ადგილი. საქმიანობის განმახორციელებელი ვალდებულია უზრუნველყოს აღნიშნულ ადგილზე საექსპერტო კომისიის წევრის შეუფერხებელი გადაადგილება.
6.საექსპერტო კომისია უფლებამოსილია, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, ადმინისტრაციული ორგანოსგან მიიღოს ინფორმაცია საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით.
7.საექსპერტო კომისიის მუშაობის შედეგები აისახება ექსპერტიზის დასკვნაში, რომელსაც ამზადებს საექსპერტო კომისია და ხელს აწერენ საექსპერტო კომისიის თავმჯდომარე და წევრები.
8.საექსპერტო კომისიის მიერ მომზადებული ექსპერტიზის დასკვნა სარეკომენდაციოა და მისი გათვალისწინება სააგენტოს მიერ გადაწყვეტილების მიღების პროცესში სავალდებულო არ არის. ამასთანავე, სააგენტოს მიერ ექსპერტიზის დასკვნის გათვალისწინების თაობაზე უარი უნდა დასაბუთდეს.