1.სამსახურს ხელმძღვანელობს სამსახურის უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს პრემიერ-მინისტრი საქართველოს ფინანსთა მინისტრის წარდგინებით.
2.სამსახურის უფროსი: ა) იღებს გადაწყვეტილებებს სამსახურის კომპეტენციისთვის მიკუთვნებულ საკითხებზე; ბ) წარმოადგენს სამსახურს მესამე პირთან ურთიერთობაში; გ) უფლებამოსილია მოახდინოს მისი კომპეტენციისთვის მიკუთვნებული ზოგიერთი საკითხის გადაწყვეტის უფლების დელეგირება სამსახურის სხვა თანამშრომელზე; დ) უფლებამოსილია სამსახურის წარმომადგენლობის უფლება მიანიჭოს სამსახურის სხვა თანამშრომელს; ე) სამართლებრივი აქტით ამტკიცებს სამსახურის საშტატო განრიგს, ხოლო საქართველოს ფინანსთა მინისტრთან შეთანხმებით – თანამდებობრივ სარგოებს; ვ) კომპეტენციის ფარგლებში თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სამსახურის თანამშრომელს; ზ) იღებს გადაწყვეტილებას სამსახურის თანამშრომლის წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის შესახებ; ზ 1 ) საქართველოს ფინანსთა მინისტრის მიერ დელეგირებული უფლებამოსილების ფარგლებში სამსახურის სტრუქტურული ერთეულის − საბაჟო დეპარტამენტის თანამშრომელსა და საბაჟო დეპარტამენტის საქმიანობაზე ზედამხედველ სამსახურის უფროსის მოადგილეს ანიჭებს შესაბამის სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს; თ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით განკარგავს სამსახურის სახსრებსა და ქონებას; ი) სამართლებრივი აქტით ამტკიცებს სამსახურის შინაგანაწესს სხვადასხვა სამართალურთიერთობების რეგულირების მიზნით და საჭიროების შემთხვევაში ამტკიცებს სამსახურის თანამშრომელთა საკვალიფიკაციო მოთხოვნებს; კ) კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს; ლ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა უფლებამოსილებებს.
3.სამსახურის უფროსს ჰყავს მოადგილეები, რომელთაგან ერთ-ერთი შეიძლება იყოს პირველი მოადგილე. სამსახურის უფროსის პირველ მოადგილესა და მოადგილეებს სამსახურის უფროსის წარდგინებით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი.
4.სამსახურის უფროსის პირველი მოადგილისა და მოადგილეების კომპეტენციები განისაზღვრება სამსახურის უფროსის გადაწყვეტილებით.
5.სამსახურის საბაჟო დეპარტამენტის თანამშრომელზე ვრცელდება სამსახურში მიღების, სამსახურიდან გათავისუფლების (დათხოვნის) და სამსახურის გავლის სპეციალური წესი, რომელსაც ამტკიცებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი. საქართველოს 2011 წლის 24 ნოემბრის კანონი №529 5 - ვებგვერდი, 05.12.2011წ. საქართველოს 2013 წლის 20 მარტის კანონი № 346 – ვებგვერდი, 02.04.2013წ. საქართველოს 2022 წლის 20 ოქტომბრის კანონი №1925 – ვებგვერდი, 28.10.2022წ. საქართველოს 2025 წლის 26 ნოემბრის კანონი №1117 – ვებგვერდი, 27.11.2025წ.