1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს უფროსი.
2.სააგენტოს უფროსი: ა) აწესრიგებს სააგენტოს კომპეტენციის სფეროსთვის მიკუთვნებულ საკითხებს; ბ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტს მხოლოდ საკანონმდებლო აქტის შესასრულებლად და იმ შემთხვევაში, თუ ეს პირდაპირ არის გათვალისწინებული საკანონმდებლო აქტით; გ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს; დ) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მის პირველ მოადგილესა და მოადგილეებს; ე) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს მოსამსახურეებს, განსაზღვრავს მათ უფლებამოსილებებს; ვ) შეიმუშავებს წინადადებებს სააგენტოს მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფისა და დაფინანსების (მათ შორის, სააგენტოს ბიუჯეტის) შესახებ და შესაბამის პროექტებს წარუდგენს სამსახურის უფროსს; ზ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით განკარგავს სააგენტოს სახსრებსა და ქონებას; თ) ქმნის კომისიებსა და სამუშაო ჯგუფებს; ი) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში წარმოადგენს სააგენტოს საერთაშორისო და სხვა ორგანიზაციებთან ურთიერთობებში; კ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში სააგენტოს მოსამსახურეებს ანიჭებს სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს; ლ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად წაახალისებს და დისციპლინურ პასუხისმგებლობას აკისრებს სააგენტოს მოსამსახურეებს; სააგენტოს მოსამსახურის სახელმწიფო ჯილდოზე წარსადგენად შუამდგომლობით მიმართავს სამსახურის უფროსს; მ) სამსახურის უფროსის თანხმობით, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ამტკიცებს სააგენტოს შიდა სტრუქტურას, საშტატო ნუსხას და სააგენტოს მოსამსახურეთა თანამდებობრივ სარგოებს; ნ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.