1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს უფროსი.
2.სააგენტოს უფროსი: ა) აწესრიგებს სააგენტოს კომპეტენციის სფეროსთვის მიკუთვნებულ საკითხებს; ბ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტს მხოლოდ საკანონმდებლო აქტის შესასრულებლად და იმ შემთხვევაში, თუ ეს პირდაპირ არის გათვალისწინებული საკანონმდებლო აქტით; გ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს; დ) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მის პირველ მოადგილესა და მოადგილეებს; ე) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს მოსამსახურეებს, განსაზღვრავს მათ უფლებამოსილებებს; ვ) შეიმუშავებს წინადადებებს სააგენტოს მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფისა და დაფინანსების (მათ შორის, სააგენტოს ბიუჯეტის) შესახებ და შესაბამის პროექტებს წარუდგენს სამსახურის უფროსს; ზ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით განკარგავს სააგენტოს სახსრებსა და ქონებას; თ) ქმნის კომისიებსა და სამუშაო ჯგუფებს; ი) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში წარმოადგენს სააგენტოს საერთაშორისო და სხვა ორგანიზაციებთან ურთიერთობებში; კ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში სააგენტოს მოსამსახურეებს ანიჭებს სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს; ლ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში, საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად წაახალისებს და დისციპლინურ პასუხისმგებლობას აკისრებს სააგენტოს მოსამსახურეებს; სააგენტოს მოსამსახურის სახელმწიფო ჯილდოზე წარსადგენად შუამდგომლობით მიმართავს სამსახურის უფროსს; მ) სამსახურის უფროსის თანხმობით, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ამტკიცებს სააგენტოს შიდა სტრუქტურას, საშტატო ნუსხას და სააგენტოს მოსამსახურეთა თანამდებობრივ სარგოებს; ნ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.
3.სააგენტოს უფროსს ჰყავს პირველი მოადგილე და მოადგილეები.
4.სააგენტოს უფროსის პირველი მოადგილისა და მოადგილეების უფლებამოსილებანი განისაზღვრება სააგენტოს დებულებით, სააგენტოს უფროსის სამართლებრივი აქტებითა და სხვა ნორმატიული აქტებით.
5.სააგენტოს უფროსის თანამდებობიდან გათავისუფლების შემთხვევაში, ახალი უფროსის დანიშვნამდე, სააგენტოს უფროსის არყოფნის ან მის მიერ მოვალეობის შესრულების სხვაგვარად შეუძლებლობის შემთხვევაში სააგენტოს უფროსის მოვალეობას ასრულებს მისი პირველი მოადგილე, ხოლო სააგენტოს უფროსის პირველი მოადგილის მიერ მოვალეობის შესრულების შეუძლებლობის შემთხვევაში – სამსახურის უფროსის მიერ განსაზღვრული სააგენტოს უფროსის ერთ-ერთი მოადგილე.