მუხლი 12. სამხედრო პროკურატურის ორგანოების სისტემას ხელმძღვანელობს მთავარი სამხედრო პროკურორი.

მთავარი სამხედრო პროკურორი გამოსცემს ბრძანებებს, განკარგულებებს, ინსტრუქციებს, იძლევა მითითებებს, რომელთა შესრულება სავალდებულოა სამხედრო პროკურატურის ყველა მუშაკისათვის. საქართველოს რესპუბლიკის გენერალური პროკურორი აუქმებს მთავარი სამხედრო პროკურორის მიერ გამოცემულ აქტებს და მიღებულ გადაწყვეტილებებს, თუ ისინი არ შეესაბამება კანონს. მუხლი 13. მთავარ სამხედრო პროკურატურაში იქმნება კოლეგია მთავარი სამხედრო პროკურორის (თავმჯდომარე), მისი მოადგილეებისა და სამხედრო პროკურატურის ორგანოების სხვა ხელმძღვანელი მუშაკების შემადგენლობით. კოლეგიის პერსონალურ შემადგენლობას ამტკიცებს საქართველოს რესპუბლიკის გენერალური პროკურორი მთავარი სამხედრო პროკურორის წარდგინებით. თავი III სამხედრო პროკურორისა და სამხედრო პროკურატურის გამომძიებლის უფლებამოსილება მუხლი 14. სამხედრო პროკურორი თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ახორციელებს ზედამხედველობას სამხედრო უწყებების, ორგანიზაციებისა და თანამდებობის პირების მიერ კანონების შესრულებაზე, აგრეთვე მათ მიერ მიღებული აქტებისა და გადაწყვეტილებების კანონმდებლობასთან შესაბამისობაზე. მუხლი 15. სათანადო საფუძვლის არსებობის სამხედრო პროკურორი უფლებამოსილია დაუბრკოლებლივ შევიდეს სამხედრო მმართველობის ორგანოებსა და ორგანიზაციებში, გამოითხოვოს მათ მიერ მიღებული ბრძანებები, ინსტრუქციები და სხვა დოკუმენტები, დანიშნოს არასაუწყებო შემოწმებები და რევიზიები, მოითხოვოს სამხედრო მოსამსახურისა და სხვა პირებისაგან განმარტებები კანონის დარღვევის თაობაზე. სამხედრო პროკურორის კანონიერი მოთხოვნები სავალდებულოა ყველა ორგანოს, თანამდებობის პირის, სამხედრო მოსამსახურეებისა და სხვა მოქალაქეებისათვის. მუხლი 16. სამხედრო პროკურატურა არ ერევა სამხედრო მმართველობის ორგანოების თავდაცვით, მმართველობით და სამეურნეო საქმიანობაში. საპროკურორო შემოწმებები ხორციელდება მხოლოდ იმ შეტყობინებათა საფუძველზე, რომლებიც მიუთითებენ ნიშნებზე ან კანონიერების სხვა დარღვევებზე. მუხლი 17. სამხედრო უწყების მიერ მიღებული კანონსაწინააღმდეგო აქტის გამო სამხედრო პროკურორს ან მის მოადგილეს შეაქვს პროტესტი ამ აქტის გამომცემ ან ზემდგომ ორგანოში, ან სამხედრო სასამართლოში. ასეთივე წესით ხდება პროტესტის შეტანა შეიარაღებული ძალების თანამდებობის პირის მიერ გამოცემული კანონსაწინააღმდეგო აქტის გამო. შესაბამისი სამხედრო უწყება ან თანამდებობის პირი ვალდებულია 10 დღის ვადაში განიხილოს პროტესტი და შედეგი აცნობოს პროკურორს. მუხლი 18. ჩატარებული შემოწმების შედეგად გამოვლენილ კანონის დარღვევათა გამომწვევი მიზეზების აღმოფხვრის თაობაზე სამხედრო პროკურორს შეაქვს წერილობითი წარდგინება იმ სამხედრო უწყებაში ან თანამდებობის პირთან, რომელიც უფლებამოსილია აღკვეთოს ეს დარღვევები. წარდგინების განხილვა უნდა მოხდეს ერთი თვის ვადაში და შედეგი ეცნობოს სამხედრო პროკურორს. მუხლი 19. კანონის დარღვევის ხასიათიდან გამომდინარე სამხედრო პროკურორს შეუძლია გამოიტანოს დადგენილება სისხლის სამართლის, ადმინისტრაციული ან დისციპლინური საქმის წარმოების აღძვრის შესახებ. დადგენილება ადმინისტრაციული ან დისციპლინური საქმის წარმოების აღძვრის შესახებ განიხილება ადგილზე მიღებიდან ათი დღის ვადაში და შედეგი ეცნობება სამხედრო პროკურორს. მუხლი 20. სამხედრო პროკურორი ახორციელებს ზედამხედველობას შეიარაღებულ ძალებში მოქმედი მოკვლევის ორგანოებისა და სამხედრო პროკურატურის გამომძიებლების ოპერატიულ-სამძებრო, მოკვლევისა და საგამოძიებო საქმიანობის კანონიერებაზე. სამხედრო პროკურორის უფლებამოსილება მოკვლევისა და საგამოძიებო ორგანოების მიერ კანონთა შესრულებაზე ზედამხედველობის განხორციელებისას განსაზღვრულია რესპუბლიკის სისხლის სამართლის საპროცესო კანონმდებლობით. მუხლი 21. სამხედრო პროკურორი უფლებამოსილია შეამოწმოს დროებითი დაკავების საკანში და შეიარაღებული ძალების სხვა სპეციალურ დაწესებულებებში დაკავებულთა მოთავსების, წინასწარი პატიმრობის, სასჯელსა და სამხედრო სასამართლოების ან სამხედრო ხელმძღვანელობის მიერ დანიშნული იძულებითი ხასიათის სხვა ღონისძიებათა აღსრულებისას კანონის მოთხოვნათა დაცვის მდგომარეობა, გაეცნოს საჭირო დოკუმენტებს, გამოკითხოს დაკავებულები და დაპატიმრებულები, მოითხოვოს განმარტებები თანამდებობის პირებისაგან. სამხედრო პროკურორი ვალდებულია, დაუყოვნებლივ გააუქმოს კანონის დარღვევით დადებული დისციპლინური სასჯელი, გაათავისუფლოს უკანონოდ დაკავებული და დაპატიმრებული პირი.