1.სააგენტოს საქმიანობას ხელმძღვანელობს სააგენტოს უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს უსაფრთხოების სამსახურის უფროსი.
2.სააგენტოს უფროსი: ა) ორგანიზებას უწევს ეროვნული სადაზვერვო პროგრამისა და სადაზვერვო საქმიანობასთან დაკავშირებული ამოცანებისა და პრიორიტეტების განხორციელებას; ბ) უზრუნველყოფს სადაზვერვო ინფორმაციის ხელისუფლების უმაღლესი ორგანოებისა და აღმასრულებელი ხელისუფლების შესაბამისი დაწესებულებებისთვის წარდგენას/მიწოდებას; გ) საქართველოს დიპლომატიურ წარმომადგენლობებში მისავლენად უსაფრთხოების სამსახურის უფროსს წარუდგენს დაზვერვის ოფიციალური წარმომადგენლების კანდიდატურებს; დ) კოორდინაციას უწევს სადაზვერვო ინფორმაციის დაცვის კრიპტოგრაფიული საშუალებებისა და შიფრების სახელმწიფო სტანდარტების შექმნასა და დანერგვას; ე) სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების დებულებებს, სააგენტოს საშტატო ნუსხასა და სააგენტოში მომუშავეთა რიცხოვნობას დასამტკიცებლად წარუდგენს უსაფრთხოების სამსახურის უფროსს; ვ) უსაფრთხოების სამსახურის უფროსთან შეთანხმებით: ვ.ა) „ნორმატიული აქტების შესახებ“ საქართველოს ორგანული კანონით დადგენილი წესით გამოსცემს საქართველოს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტებს; ვ.ბ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს; ვ.გ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების უფროსებსა და მათ მოადგილეებს; ვ.დ) განსაზღვრავს ფულადი ჯილდოს ოდენობას, აგრეთვე განსაკუთრებულ შემთხვევებში გასაცემი ერთჯერადი დახმარების ოდენობას; ვ.ე) აუცილებლობის შემთხვევაში იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს მოსამსახურეებისთვის საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებული დანამატების გაცემის შესახებ; ვ.ვ) წარმოადგენს სააგენტოს საერთაშორისო ურთიერთობებში; ზ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს მოსამსახურეებს, ამ პუნქტის „ვ.გ“ ქვეპუნქტით დადგენილი წესით თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების უფროსებსა და მათ მოადგილეებს; თ) ეროვნული სადაზვერვო პროგრამიდან, აგრეთვე სადაზვერვო საქმიანობასთან დაკავშირებული ამოცანებიდან და პრიორიტეტებიდან გამომდინარე, შეიმუშავებს და ამტკიცებს სადაზვერვო დავალებებს; ი) დადგენილი წესით წაახალისებს სააგენტოს მოსამსახურეებს ან სააგენტოს მოსამსახურეებს აკისრებს დისციპლინურ პასუხისმგებლობას; კ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით სააგენტოს მოსამსახურეებს ანიჭებს მორიგ სახელმწიფო სპეციალურ წოდებებს, პოლკოვნიკის წოდების ჩათვლით; ლ) ქმნის კომისიებსა და სამუშაო ჯგუფებს; მ) ახორციელებს ამ კანონითა და საქართველოს სხვა საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტებით მისთვის მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.
3.არ შეიძლება სააგენტოს უფროსს ეკავოს სხვა თანამდებობა ან იგი ახორციელებდეს სხვა ანაზღაურებად საქმიანობას, გარდა პედაგოგიური, სამეცნიერო და შემოქმედებითი საქმიანობებისა. საქართველოს 2013 წლის 20 სექტემბრის კანონი №1239 – ვებგვერდი, 08.10.2013წ. საქართველოს 2017 წლის 22 დეკემბრის კანონი №1835 - ვებგვერდი, 29.12.2017წ. საქართველოს 2022 წლის 7 სექტემბრის კანონი №1723 – ვებგვერდი, 21.09.2022წ. საქართველოს 2023 წლის 21 სექტემბრის კანონი №3509 – ვებგვერდი, 12.10.2023წ. საქართველოს 2025 წლის 26 ივნისის კანონი №760 – ვებგვერდი, 27.06.2025წ. საქართველოს 2026 წლის 1 აპრილის კანონი №1469 – ვებგვერდი, 01.04.2026წ.