1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს თავმჯდომარე, რომელსაც „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს იუსტიციის მინისტრი (შემდგომ − მინისტრი).
2.სააგენტოს თავმჯდომარე: ა) წარმოადგენს სააგენტოს; ბ) იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს კომპეტენციისთვის მიკუთვნებულ საკითხებზე; გ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ნორმატიულ და ინდივიდუალურ სამართლებრივ აქტებს − ბრძანებებს; დ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს თანამშრომლებს და ამტკიცებს მათ სამუშაო აღწერილობებს; ე) იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს თანამშრომელთა წახალისებისა და მათ მიმართ დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომების გამოყენების შესახებ; ვ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით განკარგავს სააგენტოს სახსრებსა და ქონებას; ზ) ახორციელებს სააგენტოს დებულებითა და სხვა ნორმატიული აქტებით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებებს.