1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს თავმჯდომარე, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს იუსტიციის მინისტრი. სააგენტოს თავმჯდომარე წარმოადგენს სააგენტოს მესამე პირებთან ურთიერთობაში და ახორციელებს სრულ ადმინისტრაციულ უფლებამოსილებებს სააგენტოში.
2.სააგენტოს თავმჯდომარის ფუნქციები და უფლებამოსილებები განისაზღვრება სააგენტოს დებულებით.
3.სააგენტოს თავმჯდომარეს შეიძლება ჰყავდეს მოადგილეები.