1.დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ხელმძღვანელობს თავმჯდომარე, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრი.
2.დაცული ტერიტორიების სააგენტოს თავმჯდომარე: ა) წარმოადგენს სააგენტოს სხვა სახელმწიფო ორგანოებთან, ფიზიკურ და იურიდიულ პირებთან ურთიერთობისას; ბ) იყენებს საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტის სახსრებს და მათი მიზნობრივად გამოყენებისათვის საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ანგარიშვალდებულია საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრის (შემდგომ – მინისტრი) წინაშე; გ) პასუხისმგებელია სააგენტოს საქმიანობის მომწესრიგებელი სამართლებრივი აქტების ზუსტი შესრულებისთვის და ანგარიშვალდებულია მინისტრის წინაშე; დ) მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს სააგენტოს საქმიანობის სფეროს რეგულირების შესახებ; ე) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს ცენტრალური აპარატისა და ტერიტორიული ადმინისტრაციების თანამშრომლებს; ვ) განსაზღვრავს სააგენტოს ცენტრალური აპარატისა და ტერიტორიული ადმინისტრაციების თანამშრომლების დისციპლინური პასუხისმგებლობის და წახალისების ზომებს; ზ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს; თ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ამყარებს კონტაქტებს და დებს ხელშეკრულებებს სააგენტოს საქმიანობის სფეროში შემავალ საკითხებზე; ი) წელიწადში ერთხელ წარუდგენს მინისტრს ტექნიკურ და ფინანსურ ანგარიშებს; კ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს; ლ) განკარგავს სააგენტოს შემოსავლებს; მ) ასრულებს სხვა ფუნქციებს, რომლებიც მას ეკისრება საქართველოს კანონმდებლობით და სააგენტოს დებულებით. საქართველოს 2007 წლის 18 დეკემბრის კანონი №5629 - სსმ I, №48, 27.12.2007 წ., მუხ.419 საქართველოს 2011 წლის 11 მარტის კანონი №4392 - ვებგვერდი,17.03.2011წ. საქართველოს 2013 წლის 25 მარტის კანონი №4 76 – ვებგვერდი, 05.04.2013წ. საქართველოს 2017 წლის 7 დეკემბრის კანონი №1671 – ვებგვერდი, 14.12.2017წ.