1.დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ხელმძღვანელობს თავმჯდომარე, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრი.
2.დაცული ტერიტორიების სააგენტოს თავმჯდომარე: ა) წარმოადგენს სააგენტოს სხვა სახელმწიფო ორგანოებთან, ფიზიკურ და იურიდიულ პირებთან ურთიერთობისას; ბ) იყენებს საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტის სახსრებს და მათი მიზნობრივად გამოყენებისათვის საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით ანგარიშვალდებულია საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრის (შემდგომ – მინისტრი) წინაშე; გ) პასუხისმგებელია სააგენტოს საქმიანობის მომწესრიგებელი სამართლებრივი აქტების ზუსტი შესრულებისთვის და ანგარიშვალდებულია მინისტრის წინაშე; დ) მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს სააგენტოს საქმიანობის სფეროს რეგულირების შესახებ; ე) თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს ცენტრალური აპარატისა და ტერიტორიული ადმინისტრაციების თანამშრომლებს; ვ) განსაზღვრავს სააგენტოს ცენტრალური აპარატისა და ტერიტორიული ადმინისტრაციების თანამშრომლების დისციპლინური პასუხისმგებლობის და წახალისების ზომებს; ზ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს; თ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ამყარებს კონტაქტებს და დებს ხელშეკრულებებს სააგენტოს საქმიანობის სფეროში შემავალ საკითხებზე; ი) წელიწადში ერთხელ წარუდგენს მინისტრს ტექნიკურ და ფინანსურ ანგარიშებს; კ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს; ლ) განკარგავს სააგენტოს შემოსავლებს; მ) ასრულებს სხვა ფუნქციებს, რომლებიც მას ეკისრება საქართველოს კანონმდებლობით და სააგენტოს დებულებით. საქართველოს 2007 წლის 18 დეკემბრის კანონი №5629 - სსმ I, №48, 27.12.2007 წ., მუხ.419 საქართველოს 2011 წლის 11 მარტის კანონი №4392 - ვებგვერდი,17.03.2011წ. საქართველოს 2013 წლის 25 მარტის კანონი №4 76 – ვებგვერდი, 05.04.2013წ. საქართველოს 2017 წლის 7 დეკემბრის კანონი №1671 – ვებგვერდი, 14.12.2017წ. მუხლი 18 2 . დაცულ ტერიტორიებზე სპეციალური საშუალებებისა და სამსახურებრივ-საშტატო იარაღის გამოყენება 1. დაცული ტერიტორიების სააგენტოსა და ტერიტორიული ადმინისტრაციების თანამშრომლებს (შემდგომ − სააგენტოს თანამშრომელი) უფლება აქვთ, საგანგებო შემთხვევაში (ხანძარი, წყალდიდობა და სხვა) გამოიყენონ დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ავტომოტოტრანსპორტსა და საზღვაო სატრანსპორტო საშუალებებზე დამონტაჟებული მოციმციმე და ხმოვანი სიგნალები.
2.საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრულ სააგენტოს თანამშრომელს უფლება აქვს, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით შეინახოს, ატაროს და გამოიყენოს სამსახურებრივ-საშტატო იარაღი.
3.სამსახურებრივ-საშტატო იარაღის გამოყენებად ითვლება გამიზნული გასროლა.
4.სააგენტოს თანამშრომელს უფლება აქვს, აუცილებელი მოგერიების შემთხვევაში ან უკიდურესი ღონისძიების სახით გამოიყენოს სამსახურებრივ-საშტატო იარაღი: ა) მოქალაქის ან/და თავის ისეთი საფრთხისაგან დასაცავად, რომელიც რეალურ საშიშროებას უქმნის მის სიცოცხლეს ან ჯანმრთელობას; ბ) ცეცხლსასროლი იარაღის წართმევის აღსაკვეთად; გ) განგაშის სიგნალის მისაცემად ან დამხმარე ძალის გამოსაძახებლად.
5.სამსახურებრივ-საშტატო იარაღის გამოყენებას წინ უნდა უძღოდეს მისი გამოყენების შესახებ სიტყვიერი გაფრთხილება; აუცილებლობის შემთხვევაში შეიძლება გამაფრთხილებელი გასროლა.
6.გაფრთხილების გარეშე სამსახურებრივ-საშტატო იარაღი გამოიყენება მხოლოდ ნებისმიერი სახის სატრანსპორტო ან მექანიკური საშუალებით მოულოდნელი შეიარაღებული თავდასხმისას.
7.აკრძალულია სამსახურებრივ-საშტატო იარაღის ისეთ ადგილებში გამოყენება, სადაც შესაძლებელია სხვა პირთა დაშავება, ცეცხლსაშიშ და აფეთქებასაშიშ ადგილებში, აგრეთვე წინასწარი შეცნობით ორსულთა, მცირეწლოვანთა და შეზღუდული შესაძლებლობის მქონე პირთა მიმართ, გარდა იმ შემთხვევისა, როდესაც ისინი შეიარაღებულნი ან ჯგუფურად ესხმიან თავს, შეიარაღებულ წინააღმდეგობას უწევენ სააგენტოს თანამშრომელს, რაც საფრთხეს უქმნის მოქალაქეთა და სააგენტოს თანამშრომლის სიცოცხლესა და ჯანმრთელობას, თუ ასეთი თავდასხმის ან/და წინააღმდეგობის სხვაგვარი ხერხებითა და საშუალებებით მოგერიება შეუძლებელია. საქართველოს 2013 წლის 27 სექტემბრის კანონი №1357 – ვებგვერდი, 09.10.2013წ. მუხლი 18 3 . სააგენტოს თანამშრომლის სოციალური დაზღვევა 1. სააგენტოს თანამშრომლის სიცოცხლისა და ჯანმრთელობის დაზღვევა შესაძლებელია განახორციელოს სააგენტომ.
2.სამსახურებრივი მოვალეობის შესრულებისას სააგენტოს თანამშრომლის დაღუპვის შემთხვევაში მის ოჯახს ან მის კმაყოფაზე მყოფ პირებს საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტის სახსრებიდან მიეცემა (მიეცემათ) ერთჯერადი დახმარება 15 000 ლარის ოდენობით. სააგენტოს თანამშრომლის დაკრძალვის ხარჯებს აანაზღაურებს სახელმწიფო.
3.სააგენტოს თანამშრომელს, რომელიც სამსახურებრივი მოვალეობის შესრულებასთან დაკავშირებით დასახიჩრდა ან რომელსაც დაუდგინდა შეზღუდული შესაძლებლობის სტატუსი, სხეულის დაზიანების სიმძიმის ხარისხის შესაბამისად საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტის სახსრებიდან მიეცემა ერთჯერადი დახმარება არაუმეტეს 7 000 ლარისა. საქართველოს 2013 წლის 27 სექტემბრის კანონი №1357 – ვებგვერდი, 09.10.2013წ.