1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს თავმჯდომარე, რომელსაც 5 წლის ვადით თანამდებობაზე ნიშნავს საქართველოს პრემიერ-მინისტრი.
2.სააგენტოს თავმჯდომარედ ინიშნება ნასამართლობის არმქონე საქართველოს მოქალაქე, რომელსაც აქვს: ა) სამართლის/საერთაშორისო სამართლის, ფინანსების, ეკონომიკის ან ბიზნესის ადმინისტრირების მაგისტრის ან მასთან გათანაბრებული აკადემიური ხარისხი; ბ) სამართლის/საერთაშორისო სამართლის, საფინანსო, ეკონომიკურ ან ბიზნესის ადმინისტრირების სფეროში მუშაობის არანაკლებ 5 წლის გამოცდილება.
3.სააგენტოს თავმჯდომარეს უფლებამოსილება უწყდება „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონით გათვალისწინებულ შემთხვევებში და დადგენილი წესით.
4.სააგენტოს თავმჯდომარე: ა) საქართველოს საკანონმდებლო აქტით დადგენილ შემთხვევებსა და ფარგლებში გამოსცემს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტს – ბრძანებას; ბ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს – განკარგულებას; გ) წყვეტს სააგენტოს გამგებლობისთვის მიკუთვნებულ საკითხებს; დ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს თანამშრომლებს, დებს შრომით ხელშეკრულებებს; ე) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს, ადგენს სამუშაო აღწერილობებს სააგენტოში არსებული თანამდებობებისთვის და სააგენტოს თანამშრომელთა დამატებით საკვალიფიკაციო მოთხოვნებს; ვ) იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს თანამშრომელთა წახალისებისა და მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომების შეფარდების შესახებ; ზ) ამტკიცებს სააგენტოში სტაჟირების გავლის წესს; თ) განკარგავს სააგენტოს ასიგნებებს; ი) წარმოადგენს სააგენტოს სახელმწიფო ხელისუფლების ორგანოებთან, ადგილობრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებსა და მესამე პირებთან ურთიერთობაში; კ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობითა და სააგენტოს დებულებით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებებს.
5.სააგენტოს თავმჯდომარე კანონით დადგენილი წესით პასუხს აგებს სააგენტოს საქმიანობისთვის.