1.სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს თავმჯდომარე, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრი.
2.სააგენტოს თავმჯდომარის უფლებამოსილებანი განისაზღვრება სააგენტოს დებულებით. საქართველოს 2005 წლის 5 ივნისის კანონი №4869-სსმI, №21, 18.06.2007წ., მუხ.183 საქართველოს 2011 წლის 24 ნოემბრის კანონი №5300 - ვებგვერდი, 01.12.2011წ. საქართველოს 2017 წლის 15 ივნისის კანონი №972 - ვებგვერდი, 30.06.2017წ. საქართველოს 2017 წლის 7 დეკემბრის კანონი №1642 – ვებგვერდი, 14.12.2017წ. თავი III . ვაზის გენეტიკური რესურსები და მათი დაცვა. ვაზის ჯიშების კლასიფიკაცია საქართველოს 2017 წლის 15 ივნისის კანონი №972 - ვებგვერდი, 30.06.2017წ.