1.სააგენტოს დაფინანსების წყაროებია: ა) საქართველოს სახელმწიფო ბიუჯეტიდან გამოყოფილი მიზნობრივი სახსრები; ბ) სააგენტოს მიერ მომსახურების გაწევის საფასური; გ) მიზნობრივი კრედიტები და გრანტები; დ) ხელშეკრულების საფუძველზე შესრულებული სამუშაოდან მიღებული შემოსავალი; ე) საქართველოს კანონმდებლობით ნებადართული სხვა შემოსავლები.
2.სააგენტოს მიერ მომსახურების გაწევის საფასურების განაკვეთები, საფასურების გადახდის, მათი გადახდისგან გათავისუფლებისა და გადახდილი საფასურების დაბრუნების წესი განისაზღვრება საქართველოს მთავრობის დადგენილებით, შემდეგი პირობების დაცვით: ა) სააგენტოს მიერ ინფორმაციული უსაფრთხოების აუდიტის ჩატარების უფლებამოსილების მქონე პირთა ავტორიზაციის მომსახურების გაწევის საფასურის განაკვეთი არ უნდა აღემატებოდეს 1 000 ლარს; ბ) ინფორმაციულ სისტემაში შეღწევადობის (პენეტრაციის) ტესტის განმახორციელებელ პირთა ავტორიზაციის მომსახურების გაწევის საფასურის განაკვეთი არ უნდა აღემატებოდეს 1 000 ლარს; გ) კვალიფიციური სანდო მომსახურების მიმწოდებელთა ავტორიზაციის მომსახურების გაწევის საფასურის განაკვეთი არ უნდა აღემატებოდეს 20 000 ლარს.